Theo kết luận của cơ quan thanh tra, dự án Hạ tầng kỹ thuật Khu đô thị mới River Silk City có 59 trường hợp xây dựng không phép, trong đó có năm trường hợp xây nhà ghép trên nhiều lô đất, không đúng quy hoạch chi tiết 1/500 được phê duyệt. Chủ đầu tư xây dựng không đúng quy hoạch chi tiết 1/500, tại phân kỳ I xây một tòa nhà, sân tennis, bể bơi, sân bóng rổ trên diện tích quy hoạch đất cây xanh 2.722 m2.
Tại phân kỳ II, III, xây hai sân tennis, bể bơi, sân bóng rổ, nhà tiện ích trên diện tích đất công trình công cộng với 8.774 m2, vi phạm Luật Xây dựng, Luật Quy hoạch đô thị và Luật Đất đai.
Bên cạnh đó, cũng tại dự án này, ở phân kỳ II, II, có hơn 9.102 m2 đất mặc dù đã được UBND tỉnh giao đất tại Quyết định số 2714/QĐ-UBND ngày 10/12/2019, tuy nhiên đến thời điểm thanh tra chưa xác định được tiền sử dụng đất, vi phạm khoản 3 Điều 108 Luật Đất đai.
Sau khi kết thúc thanh tra, ngày 10/8/2021, UBND tỉnh mới phê duyệt tiền sử dụng đất với tổng số tiền hơn 104,5 tỷ đồng. "Trách nhiệm thuộc UBND tỉnh, Hội đồng thẩm định giá đất, các sở ngành, cơ quan, đơn vị, cá nhân có liên quan và chủ đầu tư dự án" - Kết luận thanh tra nêu rõ.
UBND tỉnh Hà Nam xác định tiền sử dụng đất đối với một số dự án xây dựng hạ tầng kỹ thuật khu đô thị, khu nhà ở theo phương pháp thặng dư, trong đó chỉ quy đổi tổng doanh thu phát triển về giá trị hiện tại thời điểm định giá đất mà không thực hiện quy đổi tổng chi phí phát triển.
Mặt khác khi quy đổi tổng doanh thu phát triển đã áp dụng tỉ suất chiết khấu không đúng với mức lãi suất cho vay trung hạn bình quân tại thời điểm định giá đất của các ngân hàng thương mại Nhà nước. Bên cạnh đó, đưa thuế Giá trị gia tăng (VAT) và tính thêm lãi vay ngân hàng (đã được tính gộp vào lợi nhuận của nhà đầu tư) vào tổng chi phí phát triển khi xác định tiền sử dụng đấy, không đúng quy định tại Thông tư số 36/2014 của Bộ Tài nguyên và Môi trường, Luật Thuế giá trị gia tăng, làm giảm tiền sử dụng đất phải nộp vào ngân sách Nhà nước.
Sau khi loại bỏ khoản VAT không đúng quy định, thì số tiền sử dụng đất phải nộp bổ sung tại dự án Hạ tầng kỹ thuật Khu đô thị mới River Silk City (phân kỳ I) là hơn 8,2 tỷ đồng.